Besetningen på Jan Mayen reiser vanligvis dit med luftforsvarets C130 Hercules fly fra 335 skvadronen. Flyene har sin base på Gardermoen, men flyr til Jan Mayen fra Bodø, - det er en 1000 km lang tur som tar ca 2 timer.
Flyene har også med forsyninger og post, men det er bare 8 landinger hvert år, så brev hjemmefra er sjeldne. De 8 landingene er ikke jevnt fordelt; I forbindelse med overlapping ved personellavløsning er det landinger med en ukes mellomrom. Det er overlapping av besetninger høst og vår samt midt på sommeren da stasjonssjefen ("Høvdingen") får avløsning. På sommeren kommer også en forsyningsbåt og en tankbåt med diesel til øya. I tillegg hender det at forsvarets Orion fly slipper ned post og aviser - flydropp.
På Jan Mayen er det en 1.5 km flyplass med grusbane, hovedsakelig brukt til "ruteflyenes" (C130) landinger. Flyplassen benyttes også til andre formål som for eksempel ambulansefly for å plukke opp syke eller skadede fiskere eller selfangere som måtte oppholde seg i området, eller om en av besetningen skulle ha blitt for syk eller skadet til at den lokale sykepleieren ("Doc´a eller Doc´en) ikke kan gi den nødvendige behandling.
Instumenteringen i forbindelse med flyplassen er begrenset,* så flybesøk blir ofte utsatt eller avlyst på grunn av værforholdene.
Værforholdene på Jan Mayen er svært variable, på sommeren kan tåke være et problem, og om vinteren kan en plutselig snøstorm forhindre en landing. Flyene kan bli forsinket opp til 2-3 uker (også fordi Herculesflyene tar seg av andre oppdrag enn Jan Mayen som kan gis høyere prioritet), av og til lengre. ("Juni-flyet"
i 1990 kom for eksempel i August). Kraftig vind er også vanlig og kan være problematisk og "Karman vind" - le-bølger som settes opp av Beerenbergs
2277 m "midt ute i ingenting" kan forårsake farlige vindskjær - plutselige skifter i retning og styrke.
* Det er ingen radar på øya, men det er et NDB-radiofyr (Non Directional radio Beacon), som brukes av luftfarten generelt i området, og til å assistere ved flygninger til og fra Jan Mayen. Ved hjelp av NDB´en kan flygerne velge korrekt innflygningsrute til øya, og vil lande dersom sikt og værforhold ellers i innflygningsruten og over rullebanen tillater dette. Loran C kan også brukes for flynavigasjon.